W tym czasie Penn napisał jedną z najlepszych swoich prac: „An Essay Towards the Present and Future Peace of Europe”, gdzie postulował zjednoczenie Europy rządzonej w myśl zasad prawa międzynarodowego, a także „Some Fruits of Solitude” – spis zasad godnego i uczciwego życia. W roku 1694 kolonia została mu zwrócona. W tym samym roku zmarła jego pierwsza żona Gulielma Maria Springett, a w 1696 Penn poślubił Hannę Callowhill. Z obiema żonami miał 15 dzieci.
Penn wrócił do Pensylwanii w roku 1699, ponieważ w międzyczasie narosło wiele problemów, głównie wokół korupcji, piractwa i przemytu. Penn rozwiązał je częściowo i w 1701 roku dał kolonii nową konstytucję, którą nazwał „Kartą Przywilejów”, która powoływała nowy, jednoizbowy parlament, obdarzony większą siłą; rada kolonii została jednocześnie ograniczona do kilkuosobowego ciała doradczego przy gubernatorze.
W roku 1701 Penn wrócił do Anglii i już nigdy więcej nie wrócił do Ameryki.
Ostatnie lata Zakusy korony chcącej przejąć całkowitą i jednolitą władzę we wszystkich koloniach zakończyły się fiaskiem, chociaż w roku 1712 Penn zaczął przygotowywać się do odsprzedania kolonii rządowi.