Dwa lata później Joffé wyreżyserował Misję, również wyprodukowaną przez Puttnama; dramat historyczny rozgrywający się na terenach dzisiejszego Paragwaju, oparty na autentycznych wydarzeniach z XVIII wieku. Osady Indian Guarani, w których siedzibę mają jezuickie misje (tzw. redukcje paragwajskie), mają zostać przekazane Hiszpanom i Portugalczykom, co spotyka się z oporem części duchowieństwa. W głównych rolach wystąpili Jeremy Irons i Robert De Niro. Film zdobył szereg nagród, w tym Złotą Palmę na 39. MFF w Cannes, a także przyniósł Joffemu kolejne nominacje do Oscara i BAFTA.
Późniejsze dzieła Joffé nie cieszyły się już takim uznaniem krytyki i publiczności. W 1989 wyreżyserował film Projekt Manhattan z Paulem Newmanem. W 1995 na ekrany kin weszła Szkarłatna litera, w której wystąpili Demi Moore, Gary Oldman, Robert Duvall oraz Edward Hardwicke, zaś w 2000 Vatel z Gérardem Depardieu, Umą Thurman i Timem Rothem. W 2011 premierę miał film Gdy budzą się demony.
W kwietniu 2012 reżyser był gościem piątej edycji krakowskiego festiwalu Off Plus Camera. Pokazano cztery filmy reżysera: Pola śmierci, Misję, Vatel oraz Gdy budzą się demony.