Zagrał w 22 meczach i zdobył swojego pierwszego gola w karierze – 21 września 2005 w wygranym 5:1 meczu z KSV Roeselare, a oprócz niego dołożył jeszcze 2 kolejne (z Charleroi oraz Cercle Brugge). Z Anderlechtem po raz drugi w karierze wywalczył mistrzostwo kraju. Udane występy zanotował również w Lidze Mistrzów, zwracając uwagę na siebie menedżerowi Chelsea José Mourinho w bezpośrednim meczu Anderlechtu z „The Blues” wygranym przez Anglików 1:0.
Od początku letniego okna transferowego w 2006 roku o Vanden Borre biją się kluby z najwyższej półki w Europie. Jest na liście życzeń między innymi Bayernu Monachium, Interu Mediolan czy FC Barcelona. Jednak to ACF Fiorentina zdołała zakontraktować zdolnego obrońcę latem 2007 roku. W lidze rozegrał jednak tylko 2 spotkania i w styczniu 2008 został wymieniony na Papę Waigo N’Diaye z Genoi. We włoskim klubie rozegrał 25 meczów.