Ponadto zwyciężyła też w biegu masowym, wyprzedzając Rosjankę Olgę Zajcewą i Simone Hauswald.
6 grudnia 2011 roku Magdalena Neuner potwierdziła na swojej stronie internetowej, że sezon 2011/2012 będzie ostatnim w jej karierze ("Sprawa jest już jasna i jestem szczęśliwa, że podjęłam decyzję, o której długo myślałam. Wiem, że wielu kibiców czuje się zawiedzionych, ale dla mnie to czas, by zacząć coś innego. Chcę żyć normalnie, odpocząć i robić rzeczy, na które nie mogę sobie pozwolić jako profesjonalny sportowiec. Jestem otwarta na propozycje i chcę odkryć wiele nowych rzeczy. Myślę też o tym, by założyć rodzinę, ale rozważam też przekazanie moich doświadczeń biathlonowych młodym sportowcom.")
Pożegnanie 29 grudnia 2012 roku Magdalena Neuner po raz ostatni stanęła do rywalizacji biathlonowej. Niemka wzięła udział w zawodach pokazowych World Team Challenge rozgrywanych na stadionie Veltins-Arena w Gelsenkirchen. W czasie przerwy zawodów drużynowych odbył się jej bieg benefisowy, w którym udział wzięło 9 zawodniczek (Sabrina Buchholz, Franziska Hildebrand, Carolin Hennecke, Nadine Horchler, Kathrin Lang, Éva Tófalvi, Dorothea Wierer, Weronika Nowakowska-Ziemniak). Zawody wygrała Włoszka Dorothea Wierer 4 sekundy przed Neuner, która w swoim ostatnim strzelaniu w karierze okazała się bezbłędna. Na mecie 50 tys.