(specjalne jednostki wyposażone w ciężkie zbroje z ulepszonymi plecakami odrzutowymi i przeznaczone do walki w bliskiej odległości pod silnym ogniem wroga, wspierające również zwykłe klony z plecakami odrzutowymi) Klony rozpoznania powietrznego (jednostki służące rozpoznaniu z powietrza) Klony-marines (inne jednostki obok Galaktycznych Marines) Klony C-O (jednostki Covert Ops specjalizujące się głównie w chwytaniu dezerterów) Klony-saperzy (oddziały zajmujące się rozbrajaniem ładunków wybuchowych oraz ich podkładaniem) Klony-zwiadowcy (jednostki zwiadowcze) Klony-komandorzy (klony szkolone na dowódców jednostek) Klony-MEC (podjednostka rekrutowana z Galaktycznych Marines, klonów-komandosów i klonów-spadochroniarzy) Klony-cienie (elitarne jednostki zwiadowcze klonów, zajmujące się wywiadem i rozpoznaniem) Klony-sanitariusze (jednostki sanitarne na polu walki, starsi stopniem były klony-oficerowie medyczni, zarządzający zwykłymi sanitariuszami oraz pozostałymi rannymi) Klony-oficerowie floty (wspomagali starszych stopniem oficerów okrętów kosmicznych) Klony-starsi komandorzy (podobnie jak generałowie Jedi dowodzili pełnymi legionami klonów) Klony specjalizujące się w walce w danym środowisku: Klony pustynne (klony służące na terenach pustynnych) Klony leśne i bagienne (klony specjalizujące się w walkach na terenach