Po zakończeniu kariery thumb|Grupa polskich narciarzy podczas zawodów w Worochcie w 1922 roku. Andrzej Krzeptowski trzeci od lewej. W czasie okupacji przebywał w Zakopanem, gdzie aktywnie włączył się w kolaborację z Niemcami (Goralenvolk). 4 lutego 1942 z inicjatywy władz okupacyjnych powstał Komitet Góralski, którego przewodniczącym był inny kuzyn Andrzeja – Wacław Krzeptowski. Jedną z piętnastu najsilniejszych jego delegatur była zakopiańska, której przewodniczącym został Andrzej Krzeptowski. Przez cały czas okupacji prowadził „Spółkę Handlową”, duży sklep żelazny, farb i artykułów technicznych. Wspierał także akcje organizacji: wydawanie kenkart góralskich „G” i tworzenie Legionu Góralskiego SS. Za jego sprawą zniszczono dawne, gminne archiwum zakopiańskie. Relacje o jego zachowaniu nie są jednoznaczne – jedni oskarżają go o współpracę z Niemcami, inni o potajemne pomaganie partyzantom. Podobno nosił w plombie cyjanek. Został skazany na śmierć wyrokiem sądu Armii Krajowej, jednak wyroku nie zdążono wykonać.