Organizacja Instytut jest zarządzany przez pięciu dyrektorów (kierowników grup), obieranych na kadencje. Na czele ponad 25 grup badawczych stoją ich kierownicy, podobnie zarządzane są serwisy instytutowe. Aspektami nienaukowymi zajmuje się bardzo ograniczony pion administracyjny. W instytucie pracuje około 500 osób. Ponad połowa naukowców pochodzi spoza Niemiec (z więcej niż 40 krajów). W instytucie kształci się też około 125 studentów studiów doktoranckich, rekrutowanych z całego świata poprzez specjalny program. Oprócz tego w instytucie pracuje ponad 100 uczestników stypendiów podoktoranckich oraz kilkunastu studentów studiów magisterskich. Horyzontalny sposób organizacji podjednostek sprzyja wzajemnej komunikacji oraz upraszcza administrację.
Sieć naukowa Biopolis MPI-CBG jest położony w bliskim sąsiedztwie innych placówek naukowych: Uniwersytetu Technicznego, Uniklinik C.G. Carusa, Medical Theoretical Centre (MTZ), Biotechnological Centre (BIOZ), Max-Planck Institute for Complex Systems. Placówki te dzielą ze sobą zainteresowania badawcze, część