Kariera reprezentacyjna W 1983 roku Agbonavbare był członkiem reprezentacji Nigerii na Młodzieżowe Mistrzostwa Świata w Meksyku. Początkowo siedział na ławce rezerwowych, gdyż spóźnił się na mistrzostwa z powodu końcowych egzaminów w szkole w Lagos. W meczu z Brazylią Nigeria przegrywała 0:3 do przerwy po 3 golach z rzutów wolnych i po przerwie na boisko wybiegł już Agbonavbare, który zastąpił słabo spisującego się Patricka Udoha. Wilfred nie puścił żadnego gola i wystąpił jeszcze w ostatnim meczu swojej reprezentacji w turnieju, zremisowanym 0:0 z Holandią.
W pierwszej reprezentacji Agbonavbare zadebiutował 16 grudnia 1983 w przegranym 2:5 towarzyskim meczu z Togo. Wilfred puścił wszystkie 5 goli w większości po jego błędach i od tego czasu nazywano go też „Agbonavbasket”.
Do reprezentacji powrócił po 10 latach i w eliminacjach do Mistrzostw Świata w USA wystąpił w 4 meczach. Rok później został powołany przez Clemensa Westerhofa do kadry na mistrzostwa, gdzie był rezerwowym bramkarzem dla Petera Rufaia oraz Alloysiusa Agu.