Intrygi pałacowe inspirowane przez ród Fujiwara i pasmo nieszczęść, które spotkało cesarza i jego poddanych (śmierć dwóch żon i matki cesarza, epidemia czarnej ospy) przypisywane mściwemu duchowi niesłusznie oskarżonego o zamach stanu księcia Sawaro, który popełnił samobójstwo, sprawiły, że Kammu zdecydował o ponownych przenosinach stolicy w 794 roku do Heian-kyō (dzisiejsze Kioto).
Kammu przekształcił Radę Dworską (Saigi) w naczelny organ doradczy. Utworzył Biuro Archiwów (Kurōdodokoro), które przejęło wszystkie funkcje wykonawcze rządu, oraz Urząd Policji Cesarskiej (Kebiishi-chō). Organy te zapewniły mu i jego doradcom bardziej bezpośrednią władzę. Z jego rozkazu wyznaczono kontrolujących sprawozdania zarządców prowincji ustępujących ze stanowiska. Prowadził ustawiczne walki na granicy z Ezo. W 792 roku zrezygnował z poborowej armii na rzecz milicji lokalnej, zwanej , rekrutowanej spośród prowincjonalnej szlachty. Przyczynił się do rozkwitu dwóch nowych sekt buddyjskich, Tendai i Shingon, które trzymały się z dala od spraw politycznych.
Po śmierci nadano mu dwa imiona. W stylu chińskim – Kammu, i w stylu japońskim – . Mauzoleum cesarza Kammu znajduje się w prefekturze Kioto. Nazywa się ono Kashiwabara-no misasagiPonsonby-Fane, Richard. (1959). The Imperial House of Japan, p.