Do Królestwa Polskiego Neugebauer powrócił ok. 1886 r. i podjął pracę w renomowanym Szpitalu św. Ducha w Warszawie, gdzie ordynatorem był jego ojciec. Po śmierci ojca (1890) Franciszek przeniósł się do Szpitala Ewangelickiego na Muranowie, od roku 1897 do śmierci był tam ordynatorem kliniki ginekologicznej. Jednocześnie działał przez wiele dziesiątków lat jako członek Rady Kościelnej parafii ewangelicko-augsburskiej w Warszawie.
Franciszek Neugebauer opublikował 391 prac i artykułów naukowych i był członkiem 33 krajowych i zagranicznych towarzystw naukowych. Uważany był za światowy autorytet w sprawie hermafrodytyzmu. W roku 1904 miano go powołać na katedrę profesorską Cesarskiego Uniwersytetu Warszawskiego, ale na przeszkodzie stanęła jego słaba znajomość rosyjskiego, języka wykładowego uczelni.
Do końca życia aktywny członek Warszawskiego Towarzystwa Lekarskiego, zapisał mu w testamencie swój wielki księgozbiór. Pochowany został obok rodziców i brata Ludwika (zm. 1925) na Cmentarzu Ewangelicko-Augsburskim w Warszawie na Woli (aleja A, grób 15)śp. Franciszek Ludwik Neugebauer. Uszkodzony w czasie powstania warszawskiego grobowiec został w latach 80. i 90. XX wieku odrestaurowany ze środków Towarzystwa.
Przypisy