Wtedy też miała się delikatnie posypać na nią i zgromadzone siostry manna w postaci małych białych krzyży. W 1306 roku powróciła do Montepulciano, aby założyć klasztor (w miejscu gdzie w dzieciństwie zaatakowały ją kruki), początkowo oparty na regule św. Augustyna, później św. Dominika. W Santa Maria Novella sprawowała funkcję przeoryszy aż do końca swych dni.
Św. Agnieszka żywiła szczególne nabożeństwo do Dzieciątka Jezus i Matki Bożej. Mając zaledwie piętnaście lat często unosiła się w głębokiej ekstazie w czasie modlitwy, nawet na dwa metry nad ziemią. Miała liczne wizje, podczas jednej z nich Matka Boża podała jej Dzieciątko Jezus, a gdy musiała się z nim pożegnać znalazła na kolanach mały złoty krzyżyk, z którym się nigdy nie rozstawała. Bardzo dużo pościła, przez piętnaście lat żyła jedynie o chlebie i wodzie.
Zmarła w rodzinnym mieście w otoczeniu sióstr zakonnych.
Legenda mówi, że gdy św. Agnieszka zmarła, dzieci w regionie bez względu na wiek zaczęły opowiadać o niej – o jej pobożności i śmierci.
Kult Ciało św. Agnieszki przez ponad 300 lat pozostawało nienaruszone, później umieszczono jej doczesne szczątki w woskowej figurze, pozostawiając na widoku tylko jej ręce i stopy, z których wypływał pachnący olejek.