W roku 2006 był już podstawowym graczem swojej drużyny i przez cały sezon zaprezentował wysoką równą formę co znalazło odzwierciedlenie w plebiscycie na Najlepszego Piłkarza Słowacji, w którym zajął 2. miejsce. W lidze rosyjskiej zagrał w 26 meczach i strzelił 1 gola (w wygranym 2:1 wyjazdowym meczu z Szynnikiem). Z Zenitem zajął 4. miejsce w lidze. W 2007 roku osiągnął największy, jak do tej pory, sukces w karierze - zdobył z Zenitem mistrzostwo Rosji.
Na początku 2008 roku Škrtel przeszedł do Liverpool F.C. Kosztował 6,5 miliona funtów. W Premiership Słowak zadebiutował 5 marca 2008 w wygranym 4:0 domowym spotkaniu z West Ham United. Przez cały sezon był podstawowym zawodnikiem nowego klubu. Jego zespół zajął drugie miejsce w tabeli Premier League. 21 listopada 2009 roku w spotkaniu z Manchesterem City (2:2) Słowak zdobył swoją pierwszą bramkę w Premier League.
W sezonie 2011/2012 Škrtel zdobył z drużyną klubową Puchar Ligi Angielskiej, a Słowak strzelił w finale bramkę.