Program Każdego roku program Festiwalu jest realizowany według tego samego schematuOd schematycznego podziału na „dzień żydowski”, „prawosławny” i „katolicki” postanowiono odejść podczas jubileuszowego X Festiwalu Trzech Kultur (11-14 września 2008).. Pierwszy dzień Festiwalu (piątek) poświęcony jest tradycji i religii kultury żydowskiej, a większość wystaw, koncertów, warsztatów zajęciowych, konferencji etc. ma miejsce w kompleksie synagogalnym należącym do włodawskiego muzeum. Drugi dzień (sobota) to dzień kultury związanej z prawosławiem, skupiony wokół włodawskiej cerkwi pw. Narodzenia NMP. Trzeci dzień (niedziela) jest poświęcony tradycji katolickiej, a imprezy festiwalowe odbywają się głównie w okolicach kościoła pw. św. Ludwika i klasztoru paulinów. W ostatnich latach festiwalowy weekend bywał poprzedzany sporadycznymi imprezami dodatkowymi, będącymi swoistym preludium przed oficjalnym rozpoczęciem Festiwalu. Zwykle były to czwartkowe projekcje filmów o korespondującej tematyce we włodawskim kinie (Fanatyk, Cud purymowy).