Istniał oddolny ruch protestu, lecz wyrażanie własnej opinii równało się w tym czasie wyrokowi śmierci. Coraz większa część społeczeństwa zdawała sobie sprawę z panującej w kraju niesprawiedliwościWorld Statesmen, El SalvadorLPG, „General Maximiliano Hernández Martínez”.Adam Regiewicz (red.), Feminizm: kobiecy aspekt kultury. Materiały z sesji popularnonaukowej Klubu Myśli Humanistycznej - II Liceum Ogólnokształcącego i Miejskiej Biblioteki Publicznej w Zabrzu (12 marca 2001), Miejska Biblioteka Publiczna w Zabrzu, 2001, s. 14..
W opozycji do junty znalazła się lewica i Kościół katolicki. Rząd podjął się represji skierowanych przeciwko duchownym. W 1977 roku z rąk służby bezpieczeństwa zginął ojciec Rutilio Grande znany z krytyki rząduMorderstwa polityczne, spiski, tajne zmowy. Bellona, 2007, s. 283- 286. .. W tym samym roku najbardziej radykalne grupy junty promowały hasło „Bądź patriotą – zabij księdza”, oskarżanych o rzekome sprzyjanie komunistom. Wzmożone represje zradykalizowały lewicę. W kwietniu 1970 roku jedna z frakcji partii komunistycznej (PCS) przekształciła się w Ludowe Siły Wyzwoleńcze im. Farabundo Martí (FPL).