W batalionie Atlacatl który 11 grudnia 1981 w departamencie Morazán dokonał masakry ludności cywilnej służyło co najmniej 10 doradców amerykańskichMark Danner Masakra w El Mozote. Opowieść o deprawacji władzy, Warszawa 2013, s.134..
W 1983 FMLN przeprowadził potężną ofensywę zakończoną sukcesem. W wyniku tej tzw. Styczniowej Ofensywy Rewolucyjnych Bohaterów zostało opanowanych 12 miast w prowincji Morazan. Na zajętych terenach FMLN wprowadzał własną administrację z szeroko rozbudowaną działalnością oświatową i medyczną. Wiele z rządowych akcji przeciwpartyzanckich kończyło się masakrami cywilnej ludności. Najbardziej znanym takim przypadkiem jest masakra w El Mozote z grudnia 1981, której dokonała doborowa jednostka armii Salwadoru – Batalion Atlacatl (Batallón Atlacatl). Żołnierze zamordowali w tej miejscowości około 900 osób głównie starców, kobiety i dzieci. Oprócz dokonującej zbrodnie armii w dalszym ciągu w kraju szalał terror szwadronów śmierci likwidujących każdego podejrzanego o cień sympatii do FMLN. Ofiary często niemające nic wspólnego z partyzantami, a będące w jakiś sposób nastawione nieprzychylnie do rządu były porywane, torturowane i mordowane strzałem w tył głowy.