Na jesieni tego roku, kiedy Sowieci weszli na terytorium Estonii, sformowano 4 kolejne pułki Omakaitse: Bojowy Pułk Omakaitse Okręgu Tartu (Tartumaa Omakaitse lahingurügement) pod dowództwem płk. Kivi w składzie dwóch batalionów. Skierowano go do obrony wybrzeża jeziora Pejpus. Bojowy Pułk Omakaitse Okręgu Sakalamaa (Sakalamaa Omakaitse lahingurügement) pod dowództwem kpt. A. Tiivela w składzie trzech batalionów. Działał w rejonie jeziora Võrts. Bojowy Pułk Omakaitse Okręgu Lääne-Harju (Lääne-Harju lahingurügement) pod dowództwem kpt. E. Saidry w składzie dwóch batalionów. Przeniesiono go do obrony rejonu jeziora Võrts. Batalion Läänemaa zajmował pozycje na zachód od Tartu, broniąc mostu o strategicznym znaczeniu na rzece Emajõgi. Bojowy Pułk Omakaitse Okręgu Parnawa (Pärnumaa Omakaitse lahingrügement) pod dowództwem płk. Saala w składzie dwóch batalionów. Bronił wybrzeża jeziora Võrtsjärv. Oprócz nich występował jeszcze V batalion Omakaitse Okręgu Tartumaa (Tartumaa Omakaitse V lahingpataljon) pod dowództwem mjr. Kitsapea, który działał w rejonie Tartu.
Jednostki Omakaitse nie były typowymi oddziałami wojskowymi. Były słabo wyszkolone, uzbrojone (jedynie karabiny i broń maszynowa) oraz wyposażone.