Po wojnie kolej została odbudowana i przejęta przez Zarząd Lasów Państwowych w Białymstoku. W 1948 roku zbudowano 8-kilometrowe odgałęzienie na północ wzdłuż wschodniego brzegu jeziora z Tobołowa w kierunku Maćkowej Rudy, z zamiarem dalszego przedłużenia kolei do Sejn, lecz zrezygnowano z tego i dalsze prace wstrzymano. Długość wszystkich linii sięgnęła wówczas maksymalnie 45 km. W połowie lat 50 kolej miała największy stan taboru – pięć parowozów, 60 wózków do dłużycy i 20 platform. W ciągu roku przewożono ok. 80 tysięcy m³ drewna. Na przełomie lat 60/70 wprowadzono lokomotywy spalinowe V10C, których liczba wraz z wycofywaniem parowozów od II połowy lat 70 sięgnęła czterech. W tym czasie jednak też zlikwidowano część odgałęzień w związku z konkurencją ze strony transportu samochodowego. Długość linii spadła do 36 km w 1984 roku i 27 km w 1992 roku. W drugiej połowie lat 80 wąskotorówka zakończyła przewozy z przyczyn ekonomicznych.
Pod koniec działalności kolei w 1989 powstał półgodzinny reportaż Waldemara Karwata, zatytułowany Zemsta głuszca.