W czasie wyprawy kijowskiej został szefem sztabu 15 Wielkopolskiej Dywizji Piechoty. Na tym stanowisku wyróżnił się zdolnościami i osobistym męstwem. Razem z dywizją wziął udział w wyprawie nad Berezynę, walkach odwrotowych, bitwie warszawskiej, uderzeniu na Mińsk Mazowiecki, ataku na tyły bolszewickiej 15 Armii, w walkach pod Lidą i Mińskiem. Po zakończeniu walk i powrocie do Wielkopolski ukończył kurs informacyjny Sztabu Generalnego, kurs lotnictwa i kurs dowódców pułków saperów. Od 8 lipca 1921 roku dowodził 70 pułkiem piechoty w Jarocinie. Był założycielem tamtejszego Koła Towarzystwa Wiedzy Wojskowej. Chcąc dokończyć okres dowodzenia pułkiem wystąpił z wnioskiem o przesunięcie terminu skierowania go na jednoroczny kurs doszkolenia w Wyższej Szkole Wojennej. Zmarł 16 lutego 1922 roku w Poznaniu, w następstwie szkarlatyny.
8 kwietnia 1934 jego szczątki zostały ekshumowane i przewiezione z Poznania do Lwowa, gdzie po uroczystym pogrzebie 15 kwietnia 1934 zostały pochowane w kwaterze dowódców na Cmentarzu Obrońców Lwowa.
Upamiętnienie Uchwałą Rady Miasta Lwowa z listopada 1938 jednej z ulic we Lwowie nadano imię Stanisława Nilskiego-Łapińskiego.
Od 1 czerwca 2009 jest patronem Gimnazjum nr 1 w Łapach.