Pojawił się też serialu medycznym CBS Klinika w Teksasie (Cutter to Houston, 1983), grając dzieciaka, który został ranny i musiał mieć przeprowadzoną reanimację metodą usta-usta, zanim został zaniesiony do helikoptera z czekającym tam lekarzem Halem Wexlerem (Alec Baldwin).
W serialu medycznym NBC St. Elsewhere (1983-88) zagrał postać autystycznego Tommy’ego Westphalla. Międzynarodową popularność przyniosła mu rola Matthew Coopera w serialu CBS Doktor Quinn (Dr. Quinn, Medicine Woman, 1993–98) z Jane Seymour i jego pełnometrażowych fabularyzacjach, za którą został wyróżniony nagrodą Young Artist Award.
Od czerwca do sierpnia 2008 roku, Allen wystąpił z Valerie Harper w sztuce Looped (Zapętlony), opartej na życiu Tallulah Bankhead, w Pasadena Playhouse w Pasadenie w Kalifornii.
Życie prywatne W 1996 roku, w wieku dwudziestu jeden lat na łamach amerykańskiego tabloidu The Globe Allen otwarcie przyznał się do swojego homoseksualizmu.
W listopadzie 2006 roku Los Angeles Daily News napisał na marginesie, że partnerem Allena jest Jeremy Glazer, z którym był również obsadzony w filmie Save Me. We wrześniu 2008 roku wywiadzie dla Out.com, Allen stwierdził, że od trzech lat jest w związku.