W 1604 roku Zebrzydowski, zainspirowany dziełem Chrystiana Adrichomiusa opisującym Jerozolimę w czasach Chrystusa, postanowił wybudować (w latach 1609–1617, według planów Pawła Baudartha) dwanaście kaplic Drogi Krzyżowej oraz pustelnie Pięciu Braci Polaków z kaplicą św. Marii Magdaleny.
Po śmierci Mikołaja Zebrzydowskiego w 1620 roku opiekunem sanktuarium został jego syn Jan, który wybudował (1623–1641) pięć dalszych kaplic pasyjnych, osiem kaplic maryjnych, rozbudował kaplice Ukrzyżowania i Grobu Matki Bożej oraz wybudował tzw. gradusy obok ratusza Piłata i kaplicę znalezienia Krzyża z pustelnią św. Heleny. Kolejnym fundatorem był Michał Zebrzydowski, który rozbudował kompleks klasztorny przez poszerzenie go o drugi wirydarz od strony północnej (1654–1655) i wybudowanie kaplicy Matki Bożej Kalwaryjskiej (1658–1667). Ostatnia wielka fundatorka, Magdalena z Konopackich Czartoryska, podjęła się powiększenia kościoła o długą i szeroką nawę (1680–1702), ufundowała też fasadę, dwie wieże przy elewacji frontowej (1702–1720) oraz dwie kaplice: św. Antoniego (1687) i Niepokalanego Poczęcia (1749)Strona internetowa sanktuarium – Fundatorzy sanktuarium.. Wraz ze śmiercią Magdaleny z Konopackich Czartoryskiej skończył się okres wielkich fundatorów.