Bohaterowie – osobliwa, naiwna dziewczyna o wielkim sercu, niewinnej duszyczce i zdolnej do poświęceń naturze. Pragnie napełnić tajemniczą butelkę cierpieniem pochodzącym z ludzkich serc. Kobato emanuje wdziękiem i entuzjazmem, a jej chęć niesienia pomocy osobom w potrzebie jest bardzo poruszająca i płynie z głębi serca. Czasem bywa także niezdarna i nierozważna w swoich akcjach i wycieczkach, ku udręce Ioryogiego.
– towarzysz Kobato, który za karę wygląda jak pluszowy pies. Często wytyka błędy Kobato i okrutnie gani ją w niewyszukanym słownictwie za jej naiwność. Potrafi wytworzyć strumień energii, kiedy poczuje się urażony.
– młody, 20-paroletni mężczyzna pracujący w tym samym przedszkolu, co Kobato. Najczęściej ignoruje ludzi, których nie lubi. Poza pracą w przedszkolu, podejmuje inne wielorakie prace i studiuje prawo.
– nauczycielka w lokalnym przedszkolu Yomogi, w którym jest zatrudniona Kobato. Zna Kiyokazu odkąd skończył siedem lat, czyli od momentu zaadoptowania go przez jej rodzinę.
– dawna koleżanka z klasy Sayaki, miła i wielkoduszna właścicielka apartamentu wynajmowanego Kobato oraz Kiyokazu.