Twórczość Al-Kindi pisał bardzo wiele (wylicza się, że mógł napisać nawet 200 dzieł), choć z większości jego pism znamy tylko tytuły. Spośród zachowanych, 23 traktują o geometrii, 32 o astronomii i astrologii, 8 o muzyce i arytmetyce, 10 o optyce, 23 o medycynie, 5 o psychologii, 14 o meteorologii i 14 o kwestiach politycznych. Dzieła te nie mają charakteru jedynie skrótów i komentarzy, ale zbierają też rezultaty własnych badań al-Kindiego, poszerzających i poprawiających osiągnięcia greckie. Pomimo prób godzenia ortodoksji wyznaniowej z postawą przyrodnika, Al-Kindi naraził się na potępienie ze strony środowisk religijnych - został posądzony o "helleńskie pogaństwo" i siłą pozbawiony swoich dzieł.
Filozofia To właśnie Al-Kindi stał się przyczyną występującego w filozofii islamskiej słabego rozróżnienia między platonizmem a arystotelizmem - co ma znaczenie także dla samej jego myśli. To właśnie dzięki jego staraniom przetłumaczono w Bagdadzie Teologię Arystotelesa. To neoplatońskie, mistyczne dzieło było kompilacją opartą przede wszystkim na Ennedach Plotyna, występują w nim też fragmenty uznawanego przez Arabów za arystotelika Porfiriusza, autentycznych pism Arystotelesa i innych pism. Al-Kindi za głównego autora uznał Arystotelesa, a Platonowi przypisał współautorstwo.