Jan Fryderyk zmarł po długiej chorobie, trwającej od 1593, 9 lutego 1600 w Wołogoszczy, dokąd przybył pod koniec stycznia. Ciało zostało przewiezione do Szczecina 13/14 lutego 1600 i złożone w grobie, w kościele zamkowym pod wezwaniem św. Ottona 15 marca 1600W starszej literaturze przedmiotu podawana jest również data dzienna pochówku, tj. 17 lutego. Za: . Księstwo Szczecińskie w trudnej sytuacji finansowej (książęce zadłużenie wyniosło 300 000 guldenów) przejął brat Barnim X MłodszyK. Kozłowski, J. Podralski, Gryfici. Książęta Pomorza Zachodniego, s. 55..
Plany małżeńskie. Rodzina Początkowo (około 1560/1561) zamierzano na dworze polskim wydać za ówczesnego księcia wołogoskiego najmłodszą z sióstr Zygmunta II Augusta – Katarzynę, co mogłoby ułatwić objęcie przez Gryfitę tronu polskiego po śmierci ostatniego Jagiellona. Jednak wobec niemożności uzgodnienia wspólnego stanowiska (strona polska wymagała od władcy pomorskiego udzielenia jej pożyczki, strona pomorska zaś godziła się ją dać jedynie pod zastaw dóbr w Prusach Królewskich) do finalizacji rozmów nie doszłoE. Rymar, Rodowód książąt pomorskich, s.