W XIII w. benedyktyni z Mogilna zbudowali tu drewniany kościół z klasztoremJakub Gilewicz „Zobacz kościół w Świętym Wojciechu” [dostęp 2013-12-12]. (I wzmianka o ich obecności we wsi pochodzi z 1222 roku)Piotr Celej „Odwiedziliśmy Orunię. 13. dzielnica? Niekoniecznie...”.. Obecny, murowany kościół postawiono w latach 1348–1359, w XV w. pojawiła się też murowana dzwonnica, podwyższona w 1680 o część szachulcową. Klasztor skasowano w 1500 r.M. Orłowicz w „Przewodniku po Gdańsku” z 1921 r. jako datę kasaty klasztoru benedyktynów podaje rok 1541., a w 1537 r. zabudowania kościelne spłonęły wraz z całą wsią. W 1575 r. kościół odbudowano, a w 1713 r.Orłowicz podaje datę 1711. oddano księżom misjonarzom. W roku 1818 zgromadzenie zostało rozwiązane, a w jego miejsce utworzono parafię.
Święty Wojciech został włączony w granice administracyjne miasta w 1828 jako eksklawa. W 1864 do osady dołączyła Plebanka, która obecnie jest jej podjednostką morfogenetyczną. Święty Wojciech należy do okręgu historycznego Niziny.