1999/2000 – sezon ten dał awans do nowej 4 ligi, najwyższego poziomu rozgrywkowego na szczeblu województwa. Ligi były na nowo budowane, a cała reforma sportowa była związana z reformą reorganizacyjną województw z 1 stycznia 1999 roku.
Pogoń wywalczyła awans do 4 ligi wspólnie z Włókniarzem Białystok, Jagiellonią II oraz LZS Narewka.
2007/2008 – w tym sezonie zdecydowano o kolejnej i to znaczącej reformie rozgrywek. W związku z tym aż 7 klubów z podlaskiej 4 ligi znalazło się w nowej 3 lidze podlasko – warmińsko – mazurskiej. W tym gronie znalazł się także klub z Łap. Pogoń zajmując 5 miejsce w lidze wywalczyła bezpośredni awans na szczebel makroregionalny.
2011/2012 – Pogoń spadła z III ligi i więcej już nie miała okazji zagrać na szczeblu centralnym.
2017 – do życia powołane zostaje stowarzyszenie Miejski Klub Sportowy Pogoń Łapy i taką nazwę przyjmuje klub który występuje w rozgrywkach ligowych do dziś .
Koniec roku 2017 był w Pogoni czasem trudnych i bolesnych decyzji. Wycofano po rundzie jesiennej klub z rozgrywek 4 ligi i przez półtora roku Pogoni nie było na mapie seniorskiej piłki.