W początkach 1939 wyjechał do Kanady na stypendium ufundowane przez Ministerstwo Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego, miał pracować nad powieścią z życia tamtejszej Polonii. Wrócił do kraju przedterminowo, w początkach lipca, ze względu na napiętą sytuację międzynarodową. Prawdopodobnie walczył w Wojsku Polskim jako oficer rezerwy. Po klęsce wrześniowej uniknął niewoli i powrócił do Rzeszowa, jednak już w październiku 1939 został aresztowany przez Gestapo. Dzięki staraniom rodziny został po trzech tygodniach zwolniony z aresztu.
Przeniósł się do Nowego Sącza i w listopadzie 1939 spróbował przedostać się przez zieloną granicę do tworzącej się we Francji armii polskiej, jednak w okolicach Muszyny został wydany w ręce Niemców przez przewodnika. Przetrzymywany w więzieniach w Nowym Sączu i Nowym Wiśniczu, 20 czerwca 1940 został przewieziony do Oświęcimia w drugim transporcie polskich więźniów do tego obozu (numer obozowy 915).
W obozie został skierowany do pracy w magazynie żywnościowym, dzięki czemu mógł pomagać innym współwięźniom, m.in. swoim byłym wychowankom, których również zesłano do Auschwitz. Jednak w 1942 przeniesiony został do Gusen, podobozu KL Mauthausen-Gusen (numer 1665), gdzie trafił do wyniszczającej pracy w kamieniołomach.