Pułk Szwoleżerów natarł na przedmieścia zastając miasto bez obrony. Gdy nadeszła ofensywa wroga Kutrzeba wycofał się z Frontem Południowo-Wschodnim. 11 czerwca 1920 roku został zatwierdzony z dniem 1 kwietnia 1920 roku w stopniu podpułkownika, w inżynierii i saperach, w grupie oficerów byłej armii austro-węgierskiej. Podczas odwrotu sprawował od czerwca do sierpnia funkcję szefa sztabu Frontu Południowo-Wschodniego. W czasie Bitwy Warszawskiej kierował sztabem Frontu Środkowego, a następnie od sierpnia do stycznia 1921 został szefem sztabu nowo utworzonej 2 Armii, która uczestniczyła w walkach o Białystok i pościgu za wojskami sowieckimi w kierunku Grodna i Lidy.
Kariera wojskowa w II RP Po zakończeniu działań wojennych ppłk Kutrzeba w styczniu 1921 roku został na krótko wykładowcą taktyki ogólnej w Szkole Sztabu Generalnego i jednocześnie członkiem Komisji Regulaminowej. Brał wówczas czynny udział w opracowywaniu regulaminów wojskowych. W maju 1921 roku powrócił do pracy sztabowej i ponownie stanął na czele sekcji planów, a od grudnia był szefem Oddziału IIIa Operacyjnego Biura Ścisłej Rady Wojennej, które w myśl koncepcji marszałka Józefa Piłsudskiego miało w czasie pokoju stanowić zalążek Sztabu Naczelnego Wodza.