W końcu powstańcy wyruszyli do Peuerbach, gdzie zamierzali czekać na siły namiestnika bawarskiego. Pierwsze na miejsce dotarły siły chłopskie pod wodzą Zellera, które nie czekając na posiłki Fadingera w dniu 21 maja 1626 r. rozbiły w bitwie pod Peuerbach wojska namiestnika. Następnego dnia Zeller został wybrany głównodowodzącym powstańców. W czasie gdy siły Zellera radziły jak oblegać Linz w obozie pod Ottensheim, wojska Fadingera zdobyły Eferding, Wels, Kremsmünster i Steyr. Inna grupa powstańców pod wodzą Hansa Chritopha Haydena oblegała miasto Freistadt. Chłopi budowali szańce wokół miasta, blokowali dostawy wody dla obrońców i żądali ich kapitulacji. Dowódca miasta mimo to nie chciał się poddać, licząc na wsparcie 150 żołnierzy bawarskich oraz sympatyzujących z nimi mieszkańców. Dnia 10 czerwca chłopi podpalili kilka chałup na przedmieściach miasta, po czym rozpoczęli ostrzał murów miejskich, spychając obrońców z ich stanowisk.
W czasie oblężenia w mieście obrońcom zaczął doskwierać głód, co stało się przyczyną buntu. Około 50 żołnierzy namiestnika stanęło po stronie obywateli protestanckich. Ten jednak pozostał niewzruszony i w dniu 30 czerwca w czasie kolejnego ataku chłopów nakazał ostrzał powstańców.