W wypadku konfliktu zbrojnego z ZSRR miał objąć dowództwo Armii „Baranowicze”.

4 września 1939 został mianowany dowódcą Armii „Lublin”. Z 13 na 14 września 1939 Naczelny Wódz podporządkował mu Armię „Kraków”. Najpierw podległe mu wojska osłaniały rubież rzeki Wisły. Później generał podjął decyzję przebijania się dowodzonymi siłami do Lwowa wzdłuż osi Tomaszów Lubelski–Bełżec. 19 września w rejonie Tomaszowa Lubelskiego Niemcom udało się całkowicie okrążyć armie dowodzone przez gen. Piskora. Wobec niepowodzenia podjętych w nocy z 19 na 20 września prób wyjścia z okrążenia i prawie całkowitego wyczerpania amunicji artyleryjskiej, zapadła decyzja o kapitulacji. Generał wydał rozkaz zaprzestania walk i zniszczenia sprzętu bojowego oraz przekazał do Lublina rozkaz zalecający wojskowym przejście do konspiracji.

20 września 1939 został wzięty do niewoli. Przebywał w kilku obozach jenieckich: VII A Murnau (był najstarszym obozu, gdzie zasłynął odważnym wystąpieniem wobec Niemców podczas apelu w dniu 11 listopada), VIII B Silberberg (Twierdza Srebrna Góra), IV C Colditz, X C Lübeck i VI B Dössel (był komendantem tajnej organizacji wojskowej, wchodzącej w struktury AK).