Już po opublikowaniu powieści Illuminatus!, w 1977 roku, Shea w wyniku recesji został zmuszony opuścić redakcję Playboya stając się pełnoetatowym pisarzem.
Kolejne napisane przez niego książki reprezentowały nieco inny gatunek – fikcję historyczną. W 1981 roku wydał w dwóch tomach powieść Shike, której akcja rozgrywa się w średniowiecznej Japonii; w 1986 roku wydał All Things Are Lights, w której łączy los katarów z południowej Francji z tradycjami okultystycznymi miłości dworskiej i trubadurami.
W 1989 roku wydał w dwóch częściach The Saracen – Land of the Infidel and The Holy War skupiająca się na zawiłej polityce średniowiecznych Włoszech widzianych oczyma islamskiego wojownika w czasie krucjat; ostatnią z wydanych przez niego powieści była Shaman w 1991 roku, opisująca los ocalałych z wojny Czarnego Jastrzębia.
Jego kolejna powieść, Lady Yang, której akcja rozgrywała się w średniowiecznych Chinach, choć w pełni ukończona, wymagała jeszcze poprawek edytorskich;