Urząd biskupi w Afryce Pobyt ks. Lefebvre’a we Francji nie trwał długo. 12 czerwca 1947 na polecenie Piusa XII objął wikariat apostolski Dakaru. Przyznano mu tytuł biskupa tytularnego Anthedonu (obecnie Al Blakijja koło Gazy w Palestynie). 18 września 1947 roku został wyświęcony przez kardynała Liénarta na biskupa w swym kościele parafialnym w Tourcoing. Jako wikariusz apostolski Lefebvre był odpowiedzialny za Kościół katolicki w części Senegalu na północ od Gambii. Sytuacja katolików była trudna, tworzyli wspólnotę liczącą 55 tysięcy wiernych na obszarze zamieszkanym przez 2,5 miliona ludzi, z czego 1,5 miliona stanowili muzułmanie, a 25 tysięcy – wyznawcy animizmu. Działalność Lefebvre’a przyniosła rezultaty – wzrosła liczba księży, braci i sióstr zakonnych, zakładano nowe parafie i budowano kościoły.
22 września 1948 roku Lefebvre został nuncjuszem papieskim w Afryce Francuskiej. Był przedstawicielem Stolicy Apostolskiej dla Maroka, południowej Algierii, Mauretanii, Nigru, Sudanu, Czadu, Senegalu, Gabonu, Dżibuti, Madagaskaru i terytorium Reunionu. Reprezentował również papieża na terenie 44 obszarów wyłączonych (jedna diecezja, 26 wikariatów i 17 prefektur apostolskich).