20 listopada 1939 zagarnięte ziemie polskie zostały włączone w niemiecki system walutowy. Z wyjątkiem Gdańska i ziemi cieszyńskiej utrzymano granicę policyjną między Rzeszą a ziemiami wcielonymi. W celu realizacji niemieckiej polityki narodowościowej wprowadzono specjalną organizację administracji i sądownictwa. Polskie organy sądownicze administracyjne i samorządowe zostały zlikwidowane.

Administracja i policja thumb|Egzekucja przeprowadzana przez Selbstschutz w Piaśnicy (tzw. Zbrodnia w Piaśnicy), w ramach Intelligenzaktion na Pomorzu. Większa część terenów wcielonych do Rzeszy została podzielona pod względem administracyjnym na okręgi: Gdańsk-Prusy Zachodnie Kraj Warty

Pozostałą część wcielonego terytorium włączono do Prus: do prowincji Prusy Wschodnie (północne Mazowsze, na terenie którego utworzono rejencję ciechanowską; Suwałki, Działdowo, po 1941 Białostockie) oraz Śląsk (województwo śląskie oraz zachodnia Małopolska, z których utworzono rejencję katowicką).