Barney nakłania Gordona do udania się do laboratorium ojca Alyx, doktora Elia Vance’a przez kanały miejskie.
Podczas podróży po kanałach Gordon ścigany jest przez piesze jednostki Kombinatu, do momentu, kiedy sprzymierzeńcy z jednej z jednostek buntowniczych wyposażają go w poduszkowiec. Ten zostaje jednak szybko dostrzeżony przez przeciwników i zaatakowany przez helikopter szturmowy. Z pomocą zamontowanego przez sprzymierzeńców na pojeździe działa pochodzącego z helikoptera wrogich sił Gordonowi udaje się zniszczyć ścigającą go jednostkę powietrzną. W końcu dociera do kompleksu Black Mesa East, spotykając w nim naukowców Elia Vance’a i Judith Mossman; kolejny raz natyka się też na Alyx. Ta ostatnia przekazuje mu narzędzie, które zwyczajowo używane jest do pracy z niebezpiecznymi materiałami – działo grawitacyjne, które doktor Mossman określa jako „manipulator pola energii zeropunktowej”. Alyx szkoli bohatera gry w obsłudze nowej broni podczas zabawy z Dogiem – robotem-zabawką. Laboratorium doktora Vance’a zostaje chwilę później zaatakowane przez siły Kombinatu. Alyx udaje się uciec normalną drogą, natomiast Gordon zostaje od niej odcięty, co zmusza go do ucieczki przez miasteczko Ravenholm.