Na podstawie ustawy o udostępnianiu informacji o środowisku i jego ochronieUstawa z dnia 3 października 2008 r. o udostępnianiu informacji o środowisku i jego ochronie, udziale społeczeństwa w ochronie środowiska oraz o ocenach oddziaływania na środowisko () dyrektorzy urzędów morskich są organem opiniującym i uzgadniającym:
realizację przedsięwzięć na obszarach morskich w ramach postępowań w sprawie oceny oddziaływania na środowisko i na obszar Natura 2000; skutki realizacji polityk, strategii, planów lub programów dotyczących obszarów morskich w ramach strategicznych ocen oddziaływania na środowisko.
Zgodnie z art. 27a ust. 2 ustawy o ochronie przyrodyUstawa z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody () dyrektor urzędu morskiego sprawuje nadzór nad obszarami Natura 2000 lub proponowanymi obszarami mającymi znaczenie dla Wspólnoty wyznaczonymi na obszarach morskich, z zastrzeżeniem art. 32 ust. 5 ww. ustawy, który mówi, że w przypadku gdy obszar Natura 2000 obejmuje w całości lub w części obszar parku narodowego, sprawującym nadzór nad obszarem Natura 2000 w granicach parku narodowego jest dyrektor parku narodowego. Na podstawia art. 29 ustawy o ochronie przyrody, sprawujący nadzór nad obszarem Natura 2000 sporządza plan ochrony dla obszaru Natura 2000 lub jego części. Ponadto na podstawie art. 171 ust.