W krańcowym etapie wojny z oddziałami serbskimi, Çeku był głównym łącznikiem między NATO a Armią Wyzwolenia Kosowa.
Po zakończeniu działań wojskowych w czerwcu 1999 Çeku nadzorował demilitaryzację UÇK i przekształcanie jej w Korpus Ochrony Kosowa, który w zamyśle miał być cywilną organizacją zajmującą się usuwaniem skutków walk i wykonującą działania humanitarne. W zamyśle Çeku korpus miał zaś stanowić podstawę dla budowy przyszłej armii niepodległego Kosowa. Nadzór nad transformacją UCK w pokojowy korpus był nie lada wyzwaniem, nie zawsze prawidłowo przeprowadzanym, czego przykładem może być zaangażowanie sił kosowskich na rzecz Albańczyków w wojnie domowej w Macedonii w 2001.
Rząd serbski po wojnie oskarżył go o zbrodnie wojenne, co jednak nie znalazło nigdy potwierdzania w społeczności międzynarodowej. Z inicjatywy sądu w Serbii, Çeku został na krótko zatrzymany w październiku 2003 w Słowenii i w marcu 2004 na Węgrzech, oraz obecnie z uwagi na list gończy Interpolu, 23 czerwca 2009 na przejściu granicznym między Bułgarią a Macedonią.