Szereg razy był bity i zastraszany za wyrażanie swoich poglądów przez nazistowskie bojówki.
Na dwa tygodnie przed zaprzysiężeniem Adolfa Hitlera na urząd kanclerza i zanim zaczęły się prześladowania jego przeciwników politycznych, Kellner przeniósł się wraz z żoną i dzieckiem do miasteczka Laubach, gdzie Kellner pracował w charakterze starszego inspektora wymiaru sprawiedliwości w sądzie okręgowym. W roku 1935 jego syn wyemigrował do Stanów Zjednoczonych, by uniknąć służby w armii niemieckiej.
Podczas masakry w listopadzie 1938 (nocy kryształowej), Friedrich i Pauline Kellner próbowali pomagać swoim sąsiadom pochodzenia żydowskiego. Małżeństwo Kellnerów zostało powiadomione o tym, że za dalsze przeciwstawianie się polityce nazistów może ich spotkać ten sam los. Sam Kellner usłyszał, że jego żona może zostać odesłana do obozu koncentracyjnego, jeśli on będzie nadal wywierał „zły wpływ” na mieszkańców wsi. Raport napisany przez okręgowego przywódcę nazistów, Hermanna Engsta, stwierdzał, że władze planowały ukarać Kellnera pod koniec wojny.