Ten sezon był dla niego wyjątkowo udany. W 37 meczach strzelił 17 goli, tym samym zwrócił na siebie uwagę grającego w Bundeslidze Eintrachtu Frankfurt i piłkarz zmienił barwy klubowe. Łącznie na zapleczu Bundesligi rozegrał 65 meczów, w których 26 razy strzelał gole.
Eintracht Yeboah zadebiutował już w pierwszej kolejce sezonu 1990/1991, w meczu z Karlsruher SC i strzelił bramkę na 2:0 w 61 minucie. 13 minut przed końcem został ukarany żółtą kartką, a niedługo po tym zszedł z boiska. Jego zmiennikiem był Janusz Turowski, który 16 minut później strzelił bramkę na 3:0. W pierwszym sezonie pobytu w Eintrachcie Anthony grał w kratkę. Słabsze występy przeplatał lepszymi. Dopiero w końcówce sezonu ustabilizował formę. W 31, 32, 33 i 34 kolejce Yeboah wpisał się na listę strzelców, a Eintracht, w głównej mierze dzięki jego bramkom zdobył 10 punktów w tych czterech meczach. Piłkarze z Frankfurtu w końcowym rozrachunku uplasowali się na 5 pozycji w lidze, tracąc 8 punktów do lidera z Kaiserslautern. Sezon 1991/1992 Yeboah zaczął od roli jokera. W meczach z VfL Bochum, 1. FC Köln, 1. FC Kaiserslautern i Hamburgerem SV wchodził na boisko z ławki rezerwowych, a w dwóch z tych czterech meczów trafiał do siatki rywala. W trakcie sezonu Anthony zaliczył 3 występy w Pucharze UEFA.