W 40 minucie Yeboah jeszcze przed przerwą wyrównał, a 5 minut po niej strzelił zwycięską bramkę. Cały sezon zakończył z 14 trafieniami w 34 meczach, a HSV zajęło przyzwoitą, 7 pozycję. W sezonie 1999/2000 Yeboah występował w Pucharze UEFA. W trzeciej rundzie piłkarze Hamburga z Yeboahem w składzie odprawili FC Basel różnicą bramek na wyjeździe (gol Yeboaha w 47 minucie na 3:0). W półfinale HSV uporało się z Trabzonsporem (gol Yeboaha w pierwszym meczu, w 58 minucie na 1:0), jednak w finale polegli z francuskim Montpellier HSC. Równie dobrze szło Yeboahowi w lidze. W 24 meczach strzelił 9 bramek, a najlepszy w tym sezonie występ zaliczył przeciwko Arminii Bielefeld, strzelając hat-tricka i przy jednej bramce asystując. Cały mecz zakończył się wynikiem 5:0, a w końcowej tabeli Bundesligi, Hamburg zajął 3. miejsce i wywalczył udział w kwalifikacjach do Ligi Mistrzów. W sezonie 2001/2002 Yeboah był już tylko cieniem gwiazdy sprzed lat. Zaliczył zaledwie 5 meczów, z czego tylko dwa pełne, a w przerwie zimowej został oddany do Al-Ittihad Ad-Dauha. W swoim ostatnim sezonie gry zdobył 17 bramek w 21 meczach, a także Mistrzostwo i Puchar Kataru.