30 listopada 1998 Hun Sen już samodzielnie objął obowiązki szefa rządu, a Kambodżańska Partia Ludowa utworzyła koalicję z partią FUNCINPEC„Butchers on a Smaller Scale: Hun Sen and the Cambodian People’s Party”, mekong.net..
W kolejnych wyborach 27 lipca 2003 Kambodżańska Partia Ludowa również odniosła zwycięstwo i w 2004 roku raz jeszcze uformowała koalicję rządową z partią FUNCINPEC z Hun Senem jako premierem. Wybory parlamentarne 27 lipca 2008 ponownie wygrała Kambodżańska Partia Ludowa, zdobywając 90 mandatów w 123-osobowym Zgromadzeniu Narodowym„Cambodian rulers claim poll win „, BBC News, 27 lipca 2008.. 25 września 2008 Hun Sen oficjalnie został mianowany szefem rządu na kolejną kadencję„Hun Sen elected as Cambodian PM for five more years”, yahoo.news, 25 września 2008..
Kambodżańska Partia Ludowa zwyciężyła w wyborach parlamentarnych w 2013 i 2018 roku, przedłużając tym samym rządy Hun Sena. Organizacje praw człowieka oskarżały jego rząd o łamanie wolności obywatelskich poprzez zastraszanie, niesprawiedliwe wyroki (przychylne rządzącej partii), rozpędzanie protestów i ograniczenia wolności słowa.
W następstwie wyborów parlamentarnych z lipca 2023 roku, Hun Sen zapowiedział rezygnację ze stanowiska premiera i przekazanie władzy swojemu synowi.