Działalność Instytut jest państwowym instytutem badawczym podlegającym Ministrowi Rolnictwa i Rozwoju Wsi. Statutowym zadaniem Instytutu jest działalność badawcza i upowszechnianie wyników badań naukowych w dziedzinie rybactwa śródlądowego. Zadania te realizowane są przez: prowadzenie badań teoretycznych i prac naukowych o charakterze stosowanym, kształcenie i doskonalenie kadr naukowych i zawodowych, prowadzenie prac studialnych i sporządzanie ekspertyz i opinii, upowszechnianie wyników badań m.in. przez działalność informacyjną, wydawniczą oraz konsultacyjno-szkoleniową, współpracę naukową z organizacjami krajowymi i zagranicznymi, współdziałanie z jednostkami administracyjnymi i gospodarczymi.
Instytut prowadzi działalność usługową w zakresie: opiniuje operaty rybackie, wnioski kredytowe oraz wnioski dotyczące pozwoleń wodno-prawnych, sporządza ekspertyzy i opinie dot.