Islam Od 2005 roku władze państwowe znacznie ograniczyły pielgrzymki muzułmanów do miejsc świętych. Na początku października 2007 roku w Duszanbe zburzono trzy czynne meczety, a kilkanaście innych zamknięto. Jak twierdzą władze z Wydziału Spraw Religijnych meczety nie zostały zarejestrowane w ministerstwie sprawiedliwości i psuły architekturę miasta. Jeden z meczetów zbudowano w 1992 roku, jeszcze przed wybuchem wojny domowej w Tadżykistanie, ze składek wiernych i bez przerwy był wykorzystywany przez wiernych. Przeprowadzana jest również stopniowa weryfikacja mułłów.
Żydzi Od wielu lat w Tadżykistanie dochodzi do częstych dyskryminacji ludności żydowskiej. Na początku lutego 2006 roku na polecenie władz państwowych zburzono jedyną czynną w Tadżykistanie synagogę oraz kilka innych budynków służących miejscowym Żydom. Po skandalu i wielu kontrowersjach na arenie międzynarodowej w zamian za zburzoną synagogę 20 marca 2006 roku władze miasta ofiarowały gminie żydowskiej nowy teren przy ulicy Nazyina Khikmeta 26 pod budowę nowego miejsca modlitwy, jednak na własny koszt. Gmina żydowska jednak nie jest w stanie wybudować nowej synagogi, ze względu na brak środków finansowych.