Od 2000 do 2006 pełnił obowiązki zastępcy prezesa Instytutu Pamięci Narodowej. Od 19 maja 2006 był kierownikiem Urzędu do Spraw Kombatantów i Osób Represjonowanych. W 2009 rada Polskiej Fundacji Katyńskiej nadała mu Medal Dnia Pamięci Ofiar Zbrodni Katyńskiej.
Zginął w katastrofie polskiego samolotu Tu-154M w Smoleńsku 10 kwietnia 2010 w drodze na obchody 70. rocznicy zbrodni katyńskiej. 26 kwietnia został pochowany w Kwaterze Smoleńskiej na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie. Trumnę z ciałem Janusza Krupskiego przeniesiono później do Lasek pod Warszawą, gdzie 14 marca 2014 dokonano powtórnego pochówku na cmentarzu leśnym w Laskach.
Odznaczenia, wyróżnienia i upamiętnienie Postanowieniem z 16 kwietnia 2010 marszałka Sejmu Bronisława Komorowskiego wykonującego obowiązki prezydenta RP, za wybitne zasługi w służbie państwu i społeczeństwu, pośmiertnie odznaczono go Krzyżem Wielkim Orderu Odrodzenia Polski.. 29 października 2015, za zasługi w działalności na rzecz niepodległości i suwerenności Polski oraz respektowania praw człowieka w Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej, został pośmiertnie odznaczony Krzyżem Wolności i Solidarności.. W 2015 został pośmiertnie wyróżniony nagrodą Kustosz Pamięci Narodowej, przyznaną przez Instytut Pamięci Narodowej.