Kiedy wojska niemieckie opanowały kraj w poł. 1941 r., dawni przywódcy organizacji podjęli próby reaktywowania działalności. Jednakże Niemcy podejrzliwie przyjęli tę inicjatywę i ostatecznie zakazali odbudowania Pērkonkrusts. W okresie okupacji liczni b. członkowie Pērkonkrusts prowadzili kolaborację z okupantami. Wchodzili oni w skład ochotniczych oddziałów (np. Arājs Kommando), które zwalczały komunistów i ich sympatyków, a także brały udział w prześladowaniach Żydów. Z drugiej jednak strony część zaangażowała się w działalność antyniemieckiego ruchu oporu.
Program i organizacja Pērkonkrusts ideologicznie miała charakter faszystowskiR. Plavnieks, Nazi Collaborators on Trial During the Cold War. Viktors Arājs and the Latvian Auxiliary Security Police, 2017, s. 31M. Loader, S. Hearne, M. Kott, Defining Latvia. Recent Explorations in History, Culture, and Politics, 2022, s. 13. Głosiła skrajnie nacjonalistyczne hasło „Łotwa dla Łotyszy”, co rozumiała przez udział we władzach politycznych i ekonomicznych kraju wyłącznie rdzennych Łotyszy. Chciała także wykreślenia z konstytucji części przyznającej mniejszościom narodowym autonomię kulturalną. Jej program zawierał ponadto hasła antysemickieV. O. Lumans, Latvia in World War II, 2006, s. 27. Nadrzędnymi wartościami była prostota i czystość.