system trójwymiarowej nawigacji elektroanatomicznej o nazwie CARTO System. Po zidentyfikowaniu rodzaju częstoskurczu i zlokalizowaniu obszaru odpowiedzialnego za jego powstawanie, w tym miejscu umieszcza się końcówkę elektrody ablacyjnej, która zostaje rozgrzewana prądem o częstotliwości radiowej (ang. RFA - radiofrequency ablation) do temperatury ok. 60 °C. Taka temperatura jest wystarczająca do zniszczenia obszaru będącego źródłem arytmii.
Drugą metodą jest krioablacja, podczas której stosuje się miejscowe zamrażanie tkanek. Zanim definitywnie zamrozi wybraną tkankę może ją schłodzić aby wpierw uzyskać stan hibernacji w celu sprawdzenia czy przynosi to pożądany skutek. Po kilku sekundach zahibernowana tkanka ulega bez szkody rozmrożeniu. Jeżli uzyskano oczekiwany efekt pogłębia się zamrażanie otrzymując trwały efekt leczniczy.
Ablacja jest wysoce skuteczna, ale na pełny efekt często jednak trzeba dłużej poczekać, ponieważ arytmia może ustępować przez dłuższy czas po tym zabiegu. Zdarzają się przypadki wykonywania nawet kilku ablacji u jednego pacjenta.
Całkowity czas wykonywania ablacji wynosi nawet kilka godzin.
Wykazano brak różnicy skuteczności ablacji przezskórnej w porównaniu z leczeniem farmakologicznym, mierzonej wskaźnikami umieralności, udaru mózgu, krwawień i zatrzymania akcji serca.