Egipcjanie podbili Byblos i całe wybrzeże pozwalając miastu na rozwój handlu przez następne stulecia aż do najazdów Ludów Morza w XIII wieku p.n.e. Od X wieku p.n.e. Byblos było zdobywane przez kolejne imperia – asyryjskie, babilońskie, perskie, greckie Aleksandra Macedońskiego i rzymskie. W 636 roku podbite przez wojska arabskie, a w 1104 przez Krzyżowców. W 1289 zdobyte przez mameluków pod wodzą sułtana Bajbarsa. W XV wieku podbite przez Imperium Osmańskie.
Zabytki Na terenie wykopalisk odkryto ślady kolejnych istniejących w tym miejscu cywilizacji, m.in.: Neolityczne domostwa – tell na którym poświadczone są warstwy neolityczne z ok. 6600 roku p.n.e., gdzie znajdują się ślady zabudowy w postaci prostokątnych domów o podłogach i ścianach wykonanych z ubitej gliny. Na niniejszym stanowisku odkryto również pochówki w dużych naczyniach. Świątynia Baalat Gubal (opiekunki miasta) – zbudowana ok. 2800 p.n.e. była w ciągu dwóch tysięcy lat wielokrotnie przebudowywana. Obecnie widoczna na wzgórzu budowla i pozostałości prowadzącej do niej kolumnady pochodzą z czasów cesarstwa rzymskiego. Świątynia w kształcie litery L, pochodząca z 2700 r. p.n.e., z której odkopano fundamenty. Świątynia Obelisków z początków II tysiąclecia p.n.e. Szybowe groby królewskie z II tysiąclecia p.n.e., których odnaleziono dziewięć.