W pierwszej turze wyborów, 13 marca 2005 zajął pierwsze, zdobywając 43% głosów"CENTRAL AFRICAN REPUBLIC: Two to face off in second round of presidential poll ", IRIN, 1 kwietnia 2005.. W drugiej turze, 8 maja zwyciężył z wynikiem 64,6% głosów, pokonując Martina Ziguélé"CENTRAL AFRICAN REPUBLIC: Incumbent wins presidency", IRIN, 24 maja 2005.. 11 czerwca 2005 został zaprzysiężony na stanowisku prezydenta"Central Africa Gets Chief", The New York Times, 12 czerwca 2005..
Po objęciu urzędu szefa państwa, Bozizé objął również funkcję ministra obrony, którą sprawuje do dziś. W czerwcu 2005 nowym premierem kraju mianował Éliego Doté"CENTRAL AFRICAN REPUBLIC: Newly-appointed premier names cabinet", IRIN, 21 czerwca 2005.. Od 1 stycznia do 31 marca 2006 zarządzał krajem za pomocą dekretów prezydenckich"CAR: Prime minister declares rule by decree a success", IRIN, 9 czerwca 2006..
W styczniu 2008 w Republice Środkowoafrykańskiej wybuchnął strajk pracowników służb państwowych, domagających się wypłaty zaległych wynagrodzeń. W tych okolicznościach prezydent Bozizé mianował nowym szefem rządu Faustina-Archange Touadérę.