W roku 1544 wojewoda krakowski Piotr Kmita wysłał go na studia do Włoch w charakterze guwernera Jana Herburta. Zwiedził Rzym, kontynuował swą naukę w Bolonii, Padwie, Ferrarze, gdzie we wrześniu 1545 uzyskał doktorat obojga praw. W półroczu letnim 1546 podjął przerwane wykłady na Akademii Krakowskiej. Niedopuszczenie na wydział prawny zniechęciło go tej pracy, wskutek czego w 1547 zamyślał o ponownym wyjeździe do Włoch. W półroczu zimowym 1550/1551 poprowadził ostatni wykład (o mowach Cycerona i Demostenesa), a latem 1551 objął stanowisko kanclerza u biskupa chełmińskiego Jana Lubodzieskiego. Swe pierwotne właściwe nazwisko Kociołek, po otrzymaniu szlachectwa w 11 czerwca 1559, zmienił na nowe – Czystochlebski.
Poznawszy położenie uniwersytetów we Włoszech, w swoim traktacie pedagogicznym (O szkołach, czyli akademiach, ksiąg dwoje) szeroko rozwija pogląd o pożytku i doniosłości wychowania szkolnego oraz przedstawia środki, jakimi by można – jego zdaniem – zaradzić upadkowi znaczenia szkół w Rzeczypospolitej. Marycjusz, który szczególnie cenił sobie pracę z młodzieżą ubolewał nad deprecjacją stanu nauczycielskiego w Polsce i znalazłszy sobie mecenasa porzucił praktykę pedagogiczną, a poświęcił się teorii. Odpowiedzialnością za upadek szkół obarcza nie nauczycieli, ale odpowiednie władze (uwidacznia się to np.