Przez wiele lat współpracował z czołowymi przywódcami polskiej opozycji, m.in.: Andrzejem Czumą, Leszkiem Moczulskim, Wojciechem Ziembińskim i Jackiem Kuroniem. Z tym ostatnim łączyły go również wspólne zainteresowania subkulturami i trudną młodzieżą. Jednak ze względu na inne poglądy Stanisław Małkowski poróżnił się z Jackiem Kuroniem i z czasem zerwał współpracę.
Od 1977 współpracował z Komitetem Samoobrony Chłopskiej Ziemi Grójeckiej, a od 1979 z Komitetem Porozumienia na rzecz Samostanowienia Narodu. Za kontrowersyjne dla władz państwowych kazania zawierające obszerne cytaty z dokumentów Kościoła katolickiego o poszanowaniu praw osoby ludzkiej i zbyt duże zaangażowanie polityczne był wielokrotnie napominany przez instytucje kurii warszawskiej do zmiany swojego postępowania. Obawiano się o jego życie. W 1977 został pozbawiony przydziału do parafii. Był zatrudniany indywidualnie przez proboszczów parafii archidiecezji warszawskiej. W sierpniu 1980 jako delegat z ramienia Komitetu Samoobrony Chłopskiej Ziemi Grójeckiej uczestniczył w strajku w Stoczni Gdańskiej. W stanie wojennym został jednym z kapelanów podziemnej „Solidarności”.