Od września do października 1940 operował z Brestu w zachodniej Francji. M.in. 28 września 1940 osłaniał operację stawiania ofensywnej zagrody minowej w rejonie Falmouth. 10 października został uszkodzony przez brytyjskie bombowce pokładowe Fairey Swordfish z 812. dywizjonu FAA w Breście (2 bomby, 1 zabity, 3 rannych). Od listopada do grudnia 1940 w remoncie. Prawdopodobnie w tym okresie otrzymał radar.
Okręt przebywał następnie na Bałtyku, a 18-22 maja 1941 eskortował pancernik „Bismarck” i krążownik „Prinz Eugen” z Gdyni do Trondheim, przed ich rejsem na Atlantyk (wraz z „Hans Lody” i Z23). 11–13 lipca eskortował (wraz z „Hans Lody”, „Karl Galster”, Z23, Z24) z Kilonii do Trondheim krążownik „Lützow”, który jednak został uszkodzony torpedą lotniczą.
Północna Norwegia 1942–1943 Od lipca do października 1941 „Eckoldt” działał na dalekiej północy przeciwko ZSRR, z baz w Norwegii (Kirkenes), w ramach 2. dywizjonu 6. Flotylli. Uczestniczył w kilku akcjach, lecz bez większych sukcesów. Walczył głównie z radzieckim lotnictwem morskim. 10 sierpnia 1941 podczas wypadu do Zatoki Kolskiej, wraz z „Hans Lody” i „Richard Beitzen”, zatopił patrolowiec „Tuman”. 12 października został poważnie uszkodzony w kolizji z parowcem w Tromsø (remont w Niemczech od listopada 1941 do marca 1942).