W październiku 2001 Queens Park Rangers zapłaciło za Shittu 570 tysięcy funtów i Danny przeniósł się do niżej notowanego rywala zza miedzy. W debiucie z Peterborough United otrzymał czerwoną kartkę. Ogółem w Division Two zagrał w 27 meczach i strzelił 2 gole (w wygranym 3:2 meczu z Chesterfield FC oraz wygranym 3:2 z Notts County). W sezonie 2002/2003 Shittu zagrał w niemal wszystkich meczach QPR – 43 na 46 możliwych – i zdobył w nich 7 goli. QPR zajęło 4. pozycję, ale w play-off o Division One nie wypadło pomyślnie. Rok później londyński klub zajął już 2. miejsce i od razu awansował o klasę wyżej. Shittu przez dużą część sezonu leczył kontuzję, toteż wystąpił tylko w 20 meczach. W sezonie 2004/2005 Queens Park bez problemu utrzymało się w lidze i zajęło w niej 11. miejsce. Dobrze zaprezentował się również Shittu, który był filarem obrony tego klubu i zagrał on w 34 meczach zdobywając 4 gole. Sezon 2005/2006 był dla QPR gorszy od poprzedniego. Zespół dopiero w ostatnich kolejkach zapewnił sobie utrzymanie zajmując 21. pozycję tuż nad strefą spadkową. Shittu, na 46 ligowych kolejek, zagrał aż w 45 i do tego dołożył 4 bramki.